Radicata sul territorio, con due sedi a Modena e Ferrara per rispondere al meglio alle esigenze delle imprese associate, Legacoop Estense esprime una Governance unitaria. Gli organi di Legacoop Estense sono:
L'Assemblea, composta dai delegati degli enti associati. Si riunisce almeno una volta all’anno per deliberare sulle attività di indirizzo dell’associazione ed elegge la Direzione e il Collegio dei Garanti.
La Direzione è composta da rappresentanti delle cooperative aderenti in modo tale da garantire la presenza di tutti i territori, i settori e le tipologie di impresa. Elegge il Presidente e i Vicepresidenti di Legacoop Estense e nomina la Presidenza e il Direttore.
La Presidenza è composta dal Presidente, dai due Vicepresidenti e da rappresentanti di cooperative o enti associati in modo da garantire la rappresentanza di tutti i settori. Elabora gli indirizzi strategici di Legacoop Estense da sottoporre alla Direzione. Nomina uno o più coordinatori territoriali.
Il Collegio dei Garanti vigila sul corretto funzionamento degli organi di Legacoop Estense e sul rispetto dello Statuto da parte degli stessi, nonché sulla correttezza della gestione economico-finanziaria.
Il Presidente, eletto dalla Direzione, è il legale rappresentante di Legacoop Estense. L’attuale Presidente è Paolo Barbieri, eletto nel corso del Congresso del 26 gennaio 2023. I vicepresidenti sono Francesca Federzoni e Daniele Bertarelli.